Namun, kehidupan John Kei tidak bisa lepas dari catatan kriminal.
Bahkan John Kei sempat disandingkan dengan mafia di Italia dan diberikan gelar 'Godfather of Jakarta' karena bisnisnya seperti mafia.
Mengutip Kompas.com, pada 12 Oktober 2004, nama John Kei kembali dikaitkan dengan Basri Sangaji.
Basri tewas ditembak di bagian dada saat berada di dalam kamar 301 Hotel Kebayoran Inn, Jakarta Selatan.
Di dalam kasus ini, John Kei lolos dari jeratan hukum karena tidak terbukti terlibat.
Pada 11 Agutus 2008, John bersama adiknya, Tito Refra, benar-benar harus hidup di balik bui di Pengadilan Negeri (PN) Surabaya karena menganiaya dua pemuda.
Baca Juga: Jatinangor Berdarah! Seorang Juru Parkir Bacok Tiga Pelajar, Satu Korban Tutup Usia
Pada 4 April 2010, massa Kei bentrok di klub Blowfish dengan massa Thalib Makarim dari Ende, Flores.
Dua anak buah John Kei tewas.
Perseteruan antara massa dari Flores dengan loyalis John juga kembali terjadi saat persidangan kasus Blowfish digelar di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada tanggal 29 September 2010.