Pada 11 Agutus 2008, John bersama adiknya, Tito Refra, benar-benar harus hidup di balik bui di Pengadilan Negeri (PN) Surabaya karena menganiaya dua pemuda.
Pada 4 April 2010, massa Kei bentrok di klub Blowfish dengan massa Thalib Makarim dari Ende, Flores.
Baca Juga: Dengkul Gemetar, Diduga Hilang Kendali, Pemotor Tewas Setelah Terjun dari Flyover Green Lake
Dua anak buah John Kei tewas.
Perseteruan antara massa dari Flores dengan loyalis John juga kembali terjadi saat persidangan kasus Blowfish digelar di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada tanggal 29 September 2010.
Terakhir, John Kei berurusan dengan aparat pada kasus pembunuhan Tan Harry Tantono alias Ayung.
Ayung yang menjadi korban John Kei sempat menjadi sorotan saat dirinya muncul dalam kasus Hambalang dengan terdakwa mantan ketua umum Partai Demokrat, Anas Urbaningrum.
Nyawa Ayung dihabisi di sebuah kamar hotel 2701 di kamar Swiss-Belhotel, Sawah Besar pada Selasa, 27 Januari 2012.
Baca Juga: Sadis Dibacok Bertubi Pengendara Yamaha NMAX Tewas Mengenaskan dan Digilas Mobil Suzuki Ertiga
Ia ditemukan tewas dalam keadaan luka parah di bagian leher dan puluhan luka tusukan pada sekujur tubuhnya.
MA pun menjatuhi hukuman John Kei terkait kasus pembunuhan Ayung menjadi 16 tahun.